Sebbene non si conosca la data specifica di costruzione dell’originaria chiesetta, si sa che fu eretta per custodire le spoglie del santo, traslate a Bovino probabilmente dopo la distruzione della città di Aeca nel 663. Nulla dunque si sa dell’origine della chiesa di San Marco, se non che essa fu consacrata nel 1197, come attesta un’epigrafe datata al 1703. Inizialmente annessa al presbiterio della cattedrale, ha subito diversi interventi nel corso dei secoli, culminati nei restauri degli anni ’30 del ‘900. Questi lavori hanno rimosso le aggiunte barocche, conservando solo l’altare settecentesco sul quale insiste la pala con la “Visione di San Marco” e un busto reliquiario di scuola napoletana del XVIII sec. contenente le ossa del santo. L’interno della chiesa presenta una navata unica, con un ampio presbiterio sormontato da una cupola, creando uno spazio elegante. Le pareti della navata ospitano monumenti sepolcrali di vescovi locali, testimonianza della storia ecclesiastica del borgo. Un elemento di particolare interesse è la fonte battesimale in marmo del XVII secolo, un dono della famiglia Guevara, che arricchisce ulteriormente il patrimonio artistico della chiesa. L’accesso al Cappellone avviene anche dall’esterno, attraverso un portale adornato da una lunetta a bassorilievo, rappresentante San Marco di Aecae, con i suoi attributi liturgici, mitra e pastorale, e i diaconi che reggono la suppellettile liturgica. Ogni anno nella giornata del 7 ottobre viene celebrato il patrono, San Marco; in questa occasione vengono esposti nella cappella due busti in argento e legno raffigurativi del Santo.